PELNI opera 47 tratte tra 153 porti in Indonesia, soprattutto Tanjung Priok (Jakarta), Jayapura e Ujung (Surabaya). Dal porto di Tanjung Priok (Jakarta): Jayapura, Ujung (Surabaya), Bitung e altri 30 porti. Dal porto di Jayapura: Ujung (Surabaya), Bitung, Ambon e altri 15 porti. Dal porto di Ujung (Surabaya): Merauke, Benoa, Saumlaki e altri 10 porti. Dal porto di Bitung: Fakfak, Benoa, Ambon e altri 30 porti. Dal porto di Tenau (Kupang): Tanjung Priok (Jakarta), Ujung (Surabaya), Kalabahi e altri 29 porti. Dal porto di Kumai: Ujung (Surabaya), Tenau (Kupang), Kalabahi e altri sei porti. Dal porto di Merauke: Bitung, Tenau (Kupang), Kalabahi e altri 15 porti. Dal porto di Kalabahi: Tenau (Kupang), Batulicin, Waingapu, Ende, Labuan Bajo, Bima, Makassar e Waikelo. E da altri 15 porti.