PELNI assure 47 liaisons entre 153 ports en Indonésie, surtout Tanjung Priok (Jakarta), Jayapura et Ujung (Surabaya). Depuis Tanjung Priok (Jakarta) : Jayapura, Ujung (Surabaya), Bitung et 30 autres ports. Depuis Jayapura : Ujung (Surabaya), Bitung, Ambon et 15 autres ports. Depuis Ujung (Surabaya) : Merauke, Benoa, Saumlaki et 10 autres ports. Depuis Bitung : Fakfak, Benoa, Ambon et 30 autres ports. Depuis Tenau (Kupang) : Tanjung Priok (Jakarta), Ujung (Surabaya), Kalabahi et 29 autres ports. Depuis Kumai : Ujung (Surabaya), Tenau (Kupang), Kalabahi et six autres ports. Depuis Merauke : Bitung, Tenau (Kupang), Kalabahi et 15 autres ports. Depuis Kalabahi : Tenau (Kupang), Batulicin, Waingapu, Ende, Labuan Bajo, Bima, Makassar et Waikelo. Et depuis 15 autres ports.