Eka Jaya 25 opera due tratte tra otto porti in Indonesia, soprattutto Nusa Dua, Bangsal e Gili Trawangan. Dal porto di Nusa Dua: Bangsal, Gili Trawangan, Nusa Penida, Gili Air, Yellow Bridge (Nusa Lembongan), Senggigi e Gili Meno. Dal porto di Gili Trawangan: Nusa Dua, Bangsal, Nusa Penida, Gili Air, Yellow Bridge (Nusa Lembongan), Senggigi e Gili Meno.