Belibis Papua Mandiri opera nove tratte tra 18 porti in Indonesia, soprattutto Kasonaweja, Jayapura e Serui. Dal porto di Kasonaweja: Jayapura, Serui, Waren, Teba, Bagusa, Trimuris, Poiwai e Bariwaro. Dal porto di Jayapura: Biak. Dal porto di Serui: Biak, Nabire e Waren. Dal porto di Sorong: Waisai e Misool. Dal porto di Siwa: Tobaku. Dal porto di Manokwari: Wasior.