Belibis Papua Mandiri assure neuf liaisons entre 18 ports en Indonésie, surtout Kasonaweja, Jayapura et Serui. Depuis Kasonaweja : Jayapura, Serui, Waren, Teba, Bagusa, Trimuris, Poiwai et Bariwaro. Depuis Jayapura : Biak. Depuis Serui : Biak, Nabire et Waren. Depuis Sorong : Waisai et Misool. Depuis Siwa : Tobaku. Depuis Manokwari : Wasior.