San Francisco Bay Ferry opera 11 tratte tra 10 porti negli Stati Uniti, soprattutto San Francisco Ferry Building, Vallejo e Oakland. Dal porto di San Francisco Ferry Building: Vallejo, Oakland, Richmond, Alameda Main Street, Alameda Seaplane Lagoon e Harbor Bay. Dal porto di Vallejo: Oracle Park. Dal porto di Oakland: Alameda Landing. Dal porto di Alameda Main Street: San Francisco Ferry Building, Oakland, South San Francisco e Oracle Park. Dal porto di Oracle Park: Oakland e Alameda Main Street.