Alilaguna opera quattro tratte tra 10 porti in Italia, soprattutto Aeroporto di Venezia Marco Polo, Venezia Santa Lucia e Venezia San Marco. Dal porto di Aeroporto di Venezia Marco Polo: Venezia Santa Lucia, Venezia San Marco, Venezia Fondamente Nove, Lido di Venezia, Murano e Venezia. Dal porto di Venezia Santa Lucia: Venezia San Marco, Burano, Lido di Venezia, Murano e Torcello. Dal porto di Venezia Fondamente Nove: Venezia Santa Lucia e Mestre San Giuliano.